藤原竜也主演で大ヒットコミックを映画化した2部作の後編。そこに名を書かれた者が死ぬというノートを手に入れた青年。彼と天才探偵“L”の激突は、ついに終局を迎える。
天才探偵“L”は、キラの正体が月ではないかとの疑いを強めていた。対する月は、自らの嫌疑を晴らすため、キラ逮捕に協力を約束して対策本部に加わることに成功。だが月の狙いは、デスノートに書き込むため、“L”の本名を探ることにあった。2人の天才が互いに思惑を読み合う中、新たに第2のキラが出現。その正体は死神レムからノートを譲り受けた人気アイドルの海砂。キラを崇拝する彼女はやがて月と接触し、彼の右腕となる。