ブームを生んだSFサスペンスドラマ『X-ファイル』を初めて映画化。FBIの男女捜査官コンビ、モルダーとスカリーはこれまでで最大の危機と直面。小杉十郎太による吹替版。
テキサスの洞窟で古代の頭蓋骨を見つけた少年の肉体に、骨から漏れてきた黒い液体が侵入し、少年が亡くなる怪事件が発生。FBIの“X-ファイル”課は閉鎖中だが、モルダーはダラスで爆破された連邦政府ビルに少年の遺体が保管されていたという密告を受ける。モルダーと同僚のスカリーは遺体がどこに消えたかを追うが、以前から彼らを危機に導いてきた謎の組織とその黒幕、スモーキング・マンが一連の事件の背後で暗躍していた。