国民的アニメシリーズの一つである『ルパン三世』の記念すべき劇場版第1作。不老不死の力を持った“賢者の石”をめぐる、ルパン一味と謎の敵マモーの激しい争奪戦を描く。
仲間でありライバルである不二子の頼みで、ピラミッドから奇妙な石を盗み出した大泥棒ルパン。だが不二子は石を手に入れるとルパンにつれない態度をとり姿を消す。そんな不二子の行動を先読みしていたルパンは石を盗聴器付きの偽物にすり替えており、盗聴器の音を頼りに彼女を追う。やがて不二子が謎の人物マモーから石の入手を依頼されていたと判明。その石は、人間に不老不死の命を与えるという伝説の“賢者の石”だといい……。