黄金のバベルの塔をめぐり、ルパン三世の一味とマフィアたちは激しい争奪戦を繰り広げる。日本映画界の鬼才・鈴木清順を監督のひとりに迎えた、人気アニメの劇場版第3弾。
20世紀初頭に発見された古代メソポタミア時代の粘土板。そこには、黄金のバベルの塔の場所が示されているという。新たな標的をこの古代の財宝に定めたルパン三世一味だが、一方、父の代からバビロンの黄金を探していたマフィアのボス、マルチアーノと対立することになってしまう。さらにはインターポールの銭形警部もまた、各国の女性警官からえりすぐった美女軍団を率いて宿敵ルパンをつけ回し、三つどもえの争奪戦が始まった。