荒俣宏の小説が原作で、邦画離れしたスケールが当時の映画好きを驚かせたSFアクション大作『帝都物語』の続編。悪の魔人・加藤は新たに太平洋戦争末期の東京に現われる。
昭和20年、空襲が続く東京。霊的指導者・観阿弥光凰は日本を勝利に導くため、ある計画を進める。一方、人々の悲しみのエネルギーによって蘇った謎の魔人・加藤保憲は、東京を守ろうと策謀をめぐらす観阿弥らの勢力を妨害しだす。加藤の宿敵だった平将門の子孫・辰宮雪子は看護師になったが、加藤のたくらみを打ち砕こうと彼との対決に臨む。同じころ、観阿弥の側近で霊能力を持つ青年・中村は加藤によって瀕死の重体となる。