空知英秋の人気コミックをもとにしたTVアニメシリーズの劇場版。TV版で人気が高かった長編エピソード『紅桜篇』を、多くの新規カットと新解釈で再構成した“新訳”版。
異星人・天人(あまんと)の来訪によって開国した、もう一つの江戸末期。元すご腕の攘夷志士だった銀時は助手の新八、神楽とともに便利屋“万事屋(よろずや)銀ちゃん”を営んでいた。そんなある日、彼らの前に、反幕府組織・攘夷党を率いる桂小太郎の相棒であるエリザベスが現われ、謎の辻斬りに襲われて姿を消した桂を捜してほしいと依頼する。やがて銀時は、事件の裏に“紅桜”なる、一振りの刀が絡んでいることを知るが……。