1970年代後半、『宇宙戦艦ヤマト』とともにアニメブームを呼んだ松本零士原作のヒット作。機械の体を手に入れたい少年・鉄郎の冒険を描く。2年後に続編も作られた。
遠い未来。社会は不老不死の機械人間たちが主導権を握り、生身の人間は動物同然の扱いを受ける。そんな機械人間の機械伯爵に母親を殺された少年・鉄郎は復讐のため、自らも機械の体を手に入れようと銀河超特急999に乗ってアンドロメダ星雲に行こうと目指す。999の乗車パスを盗み出そうとした鉄郎は警察に追われる中、死んだ母親にそっくりな謎の女性メーテルと出会い、彼女からパスをもらって彼女と999に乗り込むが……。