松本零士が原作の大ヒットアニメ映画『銀河鉄道９９９』の続編。メーテルからのメッセージに導かれて、再び999に乗り込む鉄郎。その終着駅アンドロメダで彼を待つのは？
地球に帰還し、機械人間との戦争に身を投じていた鉄郎のもとに「999に乗りなさい」というメーテルからのメッセージが届く。999に乗り込み、再び銀河の旅へと出発した鉄郎。彼は最初の停車駅であり、メーテルの生まれ故郷といわれるラーメタル星でのトラブルを通じ、レジスタンス闘士のミャウダーと深い友情で結ばれる。そんな中、ミャウダーはメーテルが機械化帝国の女王の座を継いだとの衝撃的な情報をもたらして……。