かわぐちかいじによるヒット劇画を『装甲騎兵ボトムズ』の高橋良輔監督がアニメ化したOVA3部作を一挙放送。独立国家を宣言した原潜“やまと”が世界を揺るがす事態に。
日米共謀により極秘裏に建造された日本初の原子力潜水艦"シーバット"。しかし、シーバットは試験航海中に海江田四郎艦長の下、突如反乱逃亡。米軍は撃沈を決定するが、追撃してきた米海軍の前に出現したシーバットは全世界に向けて独立国"やまと"を宣言、米艦隊の包囲網を突破し、同盟締結のため日本へ向かった。苦悩する日本政府は、やまとを護衛するために海上自衛隊護衛艦隊の出動を決定。日米が一触即発の状態に陥る。