神谷明らTV版の声優陣が結集し、原作・武論尊×作画・原哲夫の人気漫画を原作にした劇場用長編アニメ。ケンシロウと拳王ラオウとの最初の戦いまでを新規作画で描く。
核戦争で荒廃し、暴力が支配する20世紀末。一子相伝の暗殺拳・北斗神拳の伝承者となったケンシロウは南斗聖拳の使い手シンに大敗し、恋人ユリアを奪われてしまう。ユリアの行方を捜すケンシロウは、荒野をさすらいながら無法者たちと戦いを繰り広げる。やがて彼の前に、末弟の彼を含む4兄弟の三男で、ケンシロウの名をかたって悪事を働いていたジャギ、世紀末の覇者にならんとする長男ラオウという兄2人が立ちはだかるが……。