トミー・リー・ジョーンズとウィル・スミスの共演で贈るSFアクション・コメディ。地球に侵入してきたエイリアンによる犯罪を取り締まる機密組織“MIB”の活躍を描く。
刑事のジェームズ・エドワーズは、エイリアンを追跡した腕を認められ、地球上のエイリアンを監視する機密機関“MIB”にスカウトされる。新人エージェントJとなった彼は捜査官のKとコンビを組むことに。その頃、郊外に円盤が墜落し宇宙で最も凶悪なエイリアン・バグが地球に無断侵入していた。KとJは、農夫エドガーを襲い、その皮膚を着てニューヨークに向かったバグを追う。しかしバグによって宝石商ローゼンバーグが殺され…。