女子高生と本格ミリタリーを掛け合わせ、熱狂的なファンを生んだ“ガルパン”、待望の劇場版。学校の危機を救ったはずの大洗女子学園戦車道チームに新たな試練が訪れる。
みほたち大洗女子学園の戦車道チームは、学校の存続を懸けた全国大会で見事優勝。学園はようやく平穏を取り戻したかに見えたが、そんなある日、やはり学園を廃校にするとの通告がもたらされる。約束が違うと抗議するみほたちだが、文部科学省の担当官は優勝すれば再検討すると言っただけだと取り合わない。交渉の末、みほたちは社会人チームを破った大学選抜チームに勝てば廃校を取りやめるという新たな約束を取り付けるが……。