かわぐちかいじによるヒット劇画を『装甲騎兵ボトムズ』の高橋良輔監督がアニメ化したOVA3部作を一挙放送。独立国家を宣言した原潜“やまと”が世界を揺るがす事態に。
日米が極秘裏に建造した最新鋭の原子力潜水艦シーバットで突然反乱が起き、艦自体を領土とする独立国家“やまと”の建国を宣言。自衛官時代、操艦の天才といわれたシーバット艦長にして“やまと”元首の海江田四郎は、たった1隻で米第7艦隊や原潜部隊を翻弄し、“やまと”が最強の軍事国家であることを示していく。一方、米国の核の傘の下で安寧をむさぼっていた日本もまた、“やまと”によって新たな決断を余儀なくされていく。