『機動戦士Ζガンダム』の劇場化第二弾。連邦軍のエリート組織「ティターンズ」と、反地球連邦組織「エゥーゴ」の内戦は続いていた。
エゥーゴに身を投じたカミーユは地球に残り、神秘的な少女フォウと運命的な出会いを経験する。だが、フォウはティターンズの強化人間だった。禁じられた二人の出会いは、カミーユの心を愛と苦悩に引き裂く。哀しみに満ちた戦いの果てに、宇宙へと戻ったカミーユを待ち受けていたのは、激しさを増した戦場と新型モビルスーツ"Ζ(ゼータ)ガンダム"だった。非道なコロニー落とし作戦や月面都市への爆弾テロなど、激化するティターンズの戦法と平行し、大きく変転を始める政治状況。エゥーゴは指導者ブレックス准将を暗殺で失い、一方のティターンズでは木星帰りの男シロッコが勢力を拡大しつつあった。そして、ついに動きを見せ始めた第三勢力…それは旧ジオン軍の残党、アクシズだった。