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第1話 [R-15指定相当エピソード]
「1492年」1492
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1492年、ローマ。ボルジア家当主でカトリック教皇庁枢機卿のロドリーゴは、後継者の長男が殺されたという知らせを受ける。一族の将来を案じた彼は元愛人ヴァノッツァとの間に出来た息子たちをローマに呼び寄せ…。
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第2話 [R-15指定相当エピソード]
「5つの死」Ondata di calore
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ローマに蔓延している熱病に冒された教皇。枢機卿たちは最悪の事態に備え、コンクラーベ（教皇選）の準備を始める。一方、チェーザレは宿敵コロンナ家と争いを起こし、娘ルクレツィアは婚約者と対面するが…。
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第3話 [R-15指定相当エピソード]
「神との契約」A Sacred Vow
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教皇選（コンクラーベ）のため、ロドリーゴは身辺整理を始め、病床のルクレツィアは修道院へ、愛人ジュリアは夫の元へ送られた。チェーザレもピサの神学校へと戻るが、ピサにいる愛人の妊娠が気がかりで…。
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第4話 [R-15指定相当エピソード]
「新教皇誕生」Wisdom of the Holy Spirit
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コンクラーベ（教皇選）は長期化の様相を呈し、枢機卿たちには疲労の色が見え始めていた。投票で未だ劣勢のロドリーゴは、票集めに策略を巡らす。一方、修道院にいるルクレツィアの病状はさらに悪化し…。
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第5話 [R-15指定相当エピソード]
「婚姻の絆」The Bonds of Matrimony
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コンクラーベ（教皇選）で教皇に選出されたロドリーゴは、カトリック教会の再建と改革を掲げ強硬手段に出る。ホアンが出世し、ルクレツィアに結婚話が持ち上がる中、チェーザレは焦りを募らせていき…。
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第6話 [R-15指定相当エピソード]
「正統な血」Legitimacy
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宿敵ローヴェレ枢機卿の陰謀を察知したロドリーゴは、諸国との絆を深めるためにホアンをスペイン王室と、ホフレをナポリ王室と婚姻させる。見せかけの結婚を強いられたルクレツィアはロドリーゴに反感を抱き…。
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第7話 [R-15指定相当エピソード]
「策略」Maneuvers
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ローマを離れたローヴェレがオスティア経由でフランスに渡ると考えたロドリーゴは、ホアンに軍を率いてオスティアの要塞を攻めるよう命令する。一方、ルクレツィアは念願だった真の結婚を許されるが…。
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第8話 [R-15指定相当エピソード]
「終末への序幕」Prelude to an Apocalypse
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フランスのシャルル8世の大軍がイタリアの目前へと迫り、有力者は次々とフランス側の味方についた。窮地に立たされたロドリーゴはシャルル8世のローマ入りに備え、ホアンに兵を揃えさせるが…。
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第9話 [R-15指定相当エピソード]
「ローマ侵略」The Invasion of Rome
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フランス軍によるローマ陥落は時間の問題だった。そんな中、愛人ジュリアが子供を出産しロドリーゴは歓喜する。一方、取引により宿敵マルコアントニオ・コロンナに囚われたチェーザレは地獄の日々を送っていた…。
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第10話 [R-15指定相当エピソード]
「奇跡」Miracles
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駆け引きの末ローマを撤退したフランスのシャルル8世は、事実上の捕虜としたチェーザレとジェームを連れてナポリに向かった。その頃ローマでは、ホアンの妻マリアが夫の浮気と暴力により追いつめられていた…。
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第11話 [R-15指定相当エピソード]
「神の怪物」God's Monster
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スペインの出兵により敗北したフランス軍はナポリから撤退、空位となったナポリ王にホアンを推すロドリーゴに枢機卿たちは反発する。一方、救いを求めて修道院に身を寄せたルクレツィアは神の奇跡を目撃し…。
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第12話 [R-15指定相当エピソード]
「毒蛇の台頭」（終）The Serpent Rises
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ナポリ王女と結婚し王子となったホフレが身重の妻と共にロドリーゴを訪問し、久々に兄弟全員が顔を合わせる。新しい恋に浮かれるルクレツィア、女癖の治らないホアン、そして頭角を現したチェーザレの運命は…。
